WindowsとMacの合わせ技なので推奨出来ないですが、市販のPDF関連のソフトを使わなくとも出来て素晴しいです。以下以外のやり方も多数有りますが、参考程度にして下さい。

使用スキャナ：キャノン製　N1240U
使用ＯＳとソフト：Windows 2000(Win), イメージング, クセロPDF2
　　　　　　　　　MacOS 10.4.11(Mac), Automator

１　Winで画像を取込む
　　この時、TIF形式を指定
２　取込んだファイルをイメージングで読み込み、PDFファイルに出力
　　この時出力用紙の大きさ・方向に注意、クセロPDF2でPDF化
３　この複数のPDFファイルをMacに転送してAutomatorで結合
　　Automatorの使い方は以下を参照
　　[URL]

１にはキャノンの付属ソフトの最新版を使用したが、２で使用したイメージングでも取込めるかも知れません。
スキャナーを購入して、初めて本格的に使用しました　(^^;